Вы, безусловно, можете записывать буферы протокола в OutputStream и читать их из InputStream.Сам проект протокола буферов не определил протокол RPC, но третьи стороны сделали это .В качестве альтернативы, если вы просто заинтересованы в передаче сообщения, вы должны иметь возможность обернуть это сообщение в любой протокол, который позволяет либо указать массив байтов и извлечь его на другом конце, либо который предоставляет вам потоковый API.
Если вам нужен пример, использующий конкретную технику RPC, указанную на странице сторонних надстроек, я предлагаю вам взглянуть на дом этого конкретного проекта.