Да, это гарантирует, что ваш файл cookie сеанса не виден атакующему , как атака "человек посередине".Вместо установки вручную Вы можете альтернативно настроить ваш web.xml так, чтобы он обрабатывал его для вас автоматически .
<session-config>
<cookie-config>
<secure>true</secure>
</cookie-config>
</session-config>