Я согласен, что документация для VSX может сбивать с толку. Мне немного неясно, что вы пытаетесь сделать, вы пытаетесь выполнить cl.exe напрямую или вы просто хотите скомпилировать текущий проект / решение?
Если вы просто хотите построить текущее решение, из надстройки вы можете сделать что-то вроде этого:
_applicationObject.Solution.SolutionBuild.Build()
Дайте мне знать, если я неправильно понял ваш вопрос.