Во-первых, убедитесь, что mysql действительно прослушивает localhost (127.0.0.1).
Возможно, вы подключаетесь по общедоступному IP-адресу.
Если вы хотите протестировать запуск mysql только на локальном хосте, это краткое руководство покажет вам
что положить в ваш /etc/my.cnf