Вы можете использовать бинарный редактор для изменения манифеста. Я использовал UltraEdit, чтобы открыть dll и изменить манифест. Это текстовый раздел PE-файла, обычно расположенный в конце файла.
Кроме того, вы обычно не можете использовать этот метод для добавления в сборку. Это безопасно для изменения байтов, но не для добавления или удаления. Эквивалентом удаления байтов из сборки будет замена символов на пробел, чтобы общее число байтов не изменилось.