Вы предполагаете, что это только ваши два варианта. Из этих двух возможна только первая, если использовать ваши буквальные термины.
Лично я рекомендую вам по возможности учитывать шаблон команды - используйте startService() для отправки команды (в форме Intent) в службу, которая выполняет работу и при необходимости вызывает stopSelf(). Это хорошо работает с IntentService, так как IntentService будет обрабатывать команду в фоновом потоке и автоматически вызывает stopSelf(), когда больше не нужно ничего делать.