Не уверен, правильно ли я понимаю вашу точку зрения, я полагаю, вам нужно удалить старые классы перед запуском sablecc, потому что некоторые из них в конечном итоге не будут созданы при новом запуске.
Вероятно, лучше написать короткую Ant build.xml с целью, которая сначала удаляет классы (задача удаления Ant), а затем запускает sablecc (задача Ant exec). Также возможно предварительно настроить eclipse, чтобы он обновлял рабочее пространство после завершения Ant.
Поместите build.xml в любое место проекта, щелкните правой кнопкой мыши, Run As / Ant Build.
Просто ради чистого стиля вы могли бы затем вызвать sablecc с его задачей Ant (реализованной org.sablecc.ant.taskdef) вместо того, чтобы запускать его извне в новом процессе.