<% %> - это скрипт jsp - вы можете написать там код Java
<%= %> является выражением jsp - вы можете поместить туда операторы java без точки с запятой, они будут напечатаны на странице.
${} является выражением EL - вы можете использовать их вместо выражений jsp (на самом деле рекомендуется использовать EL)
В качестве небольшого примера: <%=request.getAttribute("query") %> совпадает с ${query}