Горячая клавиша - это на самом деле просто пара keyCode + modifierFlags, которые указывают на некоторый фрагмент кода для выполнения. Так что я бы, наверное, сделал что-то вроде:
[[NSUserDefaults standardUserDefaults] setInteger:myHotKeyKeyCode forKey:@"HotKeyKeyCode"];
[[NSUserDefaults standardUserDefaults] setInteger:myHotKeyModifierFlags forKey:@"HotKeyModifierFlags"];
Затем, когда ваше приложение снова запустится ....
NSInteger keyCode = [[NSUserDefaults standardUserDefaults] integerForKey:@"HotKeyKeyCode"];
NSInteger modifierFlags = [[NSUserDefaults standardUserDefaults] integerForKey:@"HotKeyModifierFlags"];
//register the keyCode and modifierFlags to execute some chunk of code