Вы можете установить высоту и ширину вашего всплывающего окна, используя функцию window.resizeTo (PreredWidth, PreredHeight). Если вы хотите установить это внутри всплывающего окна, а не из родительского окна, чем self.resizeTo (PreredWidth, PreredHeight); сделает работу за вас.
Лучше предложить держать ваш контент внутри div, например, div с идентификатором 'content', чтобы вы могли использовать его для всплывающего окна.
<head>
<script type="text/javascript">
function resizeMe()
{
height = document.getElementById("content").offsetHeight;
width = document.getElementById("content").offsetWidth;
self.resizeTo(width+20, height+100);
}
</script>
</head>
<body onload="resizeMe();">
Этого должно быть достаточно для решения вашей проблемы.