Запуск модульных тестов не приводит к созданию файлов .pdb. Компиляция тестов делает. Проверьте настройки сборки. Это аргумент / pdb для компилятора, если вы не используете msbuild.
Единственное исключение: вы можете получить .pdbs, если вы тестируете модуль, использующий System.CodeDom. В этом случае проверка того, что вы получите .pdbs, должна быть частью теста.