Как хороший консультант, я бы сказал, что ответ «зависит».
Прежде всего, вы всегда можете запустить проект GAE в SDK. Так что до такой степени вы не связаны. Кроме того, это зависит от того, какие другие API вы используете. Библиотека веб-приложений очень похожа на некоторые другие, но я не думаю, что она доступна как отдельная; тем не менее, GAE также поддерживает Django как веб-фреймворк, и, конечно, он доступен отдельно.
Код всего лишь Python. Но некоторые API, такие как API данных, действительно предназначены для взаимодействия с облаком Google; Вы не можете быть уверены, что можете переместить произвольную программу GAE на другую платформу без переделки.