Используйте панель инструментов разработчика. Образ IE VPC должен быть предварительно установлен в IE6.
Откройте сайт, посмотрите, где находятся проблемы, и поиграйте с ним, используя панель инструментов разработчика, чтобы найти что-то, что работает (так как вы можете видеть изменения в режиме реального времени, это позволяет вам получить хорошую идею о том, что вам действительно нужно сделать).
Добавьте исправление в файл ie6.css, затем промойте и повторяйте, пока не достигнете удовлетворительного уровня.
Это, кстати, мой общий подход, когда я сталкиваюсь с чем-то неожиданным: я использую инструменты разработчика и делаю обоснованные предположения, чтобы увидеть, как я могу заставить его работать как задумано, а затем либо добавляю его в специфическую для IE таблицу стилей или (если это имеет смысл и не нарушает что-то еще) соответственно измените таблицу стилей по умолчанию.
Сценарий наихудшего случая: вы можете сказать всем, НО IE6, чтобы загрузить обычную таблицу стилей (используйте условный комментарий с пониженным уровнем) и предоставить для этого ужасно тупой CSS. Это на самом деле не очень красивое решение, но это возможность.