Я подозревал об этом с помощью Google Map API Forum.
Поскольку я разбивал отдельные координаты с помощью переноса строки <br>
Internet Explorer использует заглавные буквы тега, поэтому мне нужно обслужитьтакже для заглавных букв, иначе координаты не будут разделены.
Решением будет изменение этой строки:
var locations = document.getElementById("hidden").innerHTML;
На это:
var locations = document.getElementById("hidden").innerHTML.toLowerCase();
Остерегайтесь этого в будущем, ребята