Savva, я запустил вашу таблицу стилей с помощью xsltproc (под oXygen), и он вывел my_namespace
по желанию.
xsltproc - это всего лишь интерфейс командной строки для libxslt.Поэтому (если они не изменили что-то в последних версиях), вы и я должны получить одинаковые результаты.
Почему бы вам не показать нам свой код PHP / SimpleXML - возможно, проблема в том,в том, как вы получаете доступ к результату.