Из того, что я почерпнул из RFC 5280, расширения использования ключа могут только решить, пригоден ли сертификат для подписи кода или нет. Кажется, в RFC нет ничего, что могло бы ограничить, подписываете ли вы код Java, AIR или что-то еще. Кажется, это означает, что если вы можете подписать один фрагмент кода (или любой другой вид неключевых данных), вы можете подписать любой.
Тем не менее, в вашем сертификате могут быть специфичные для CA расширения. Не видя сертификат, трудно сказать, есть ли ограничения.
С технической точки зрения, пока клиент (т. Е. Браузер, если мы говорим о апплетах) распознает ЦС и удовлетворен вашей комбинацией использования ключа и типа сертификата (DIGITAL_SIGNATURE и OBJECT_SIGNING), с вами все будет в порядке .