Мы использовали Zend Guard на одном из наших проектов из-за такого требования. Помимо незначительных модификаций кода (удаление автозагрузчика и тому подобного), он работал хорошо. Единственным недостатком является цена лицензии, но так как она была оплачена клиентом по его просьбе, у нас не было проблем с этим.
Обновление: Забыл ранее, проект в основном был веб-приложением, но в нем было около 8-10% CLI, и с ним также не было проблем.