Я бы сказал, это зависит от того, отличаются ли группы файлов.Если они разные, вы можете увидеть ускорение запросов (см. Комментарий SQLMenace ниже).
В моем текущем месте работы 3 базы данных, которые взаимодействуют друг с другом на одном и том же сервере, и заметных задержек нет.