Просто предположение, но чтобы не открывать и не закрывать окно сразу, не видя, что оно печатает, используйте pause или pause > nul в конце вашего пакетного файла.
Чтобы получить больше / лучшепомогите, пожалуйста, уточните свой вопрос, например, немного опишите «мигать по экрану».
РЕДАКТИРОВАТЬ: Ваш комментарий лучше описывает проблему, вы хотите запустить пакетный файл, не видя окно cmd.Если вы запускаете пакетный файл с помощью ярлыка, вы можете запустить его в свернутом режиме, изменив свойства ярлыков (с эта страница ):
Щелкните правой кнопкой мыши наярлык и выберите Свойства
В раскрывающемся меню Выполнить: выберите Свернутый
Нажмите OK
Дважды щелкните ярлык, чтобы запустить командный файл в свернутом состоянии окна.