Запустите ваш любимый язык программирования, который понимает XML, и проанализируйте файл server.xml.Используйте XPath, чтобы найти интересующий вас элемент и изменить его.Затем снова напишите обратно файл server.xml.
Если вы работаете в Java и DOM, то что-то вроде этого поможет вам начать:
DocumentBuilder documentBuilder = documentBuilderFactory.newDocumentBuilder();
Document document = documentBuilder.parse(new InputSource(new FileReader("/path/to/your/server.xml")));
// And start exploring the NodeList...
NodeList nodeList = document.getFirstChild().getChildNodes();