Вам следует рассмотреть возможность использования Maven для вашего проекта. Он ОЧЕНЬ хорошо поддерживается в Eclipse и обрабатывает все зависимости (а также другие вещи, такие как выпуски).
Проблема в том, что есть некоторая кривая обучения, но если вы планируете, чтобы ваш проект достиг значительных размеров, я бы сказал, что это очень важно.
В Maven есть поддержка сборок ant, и большинство библиотек находятся в центральном хранилище Maven. Вы просто говорите, что ваш проект зависит от внешнего проекта, и он автоматически загрузит зависимости.
http://maven.apache.org/