Я не думаю, что вам следует удалять пользовательские данные, поскольку в будущем программа может быть снова установлена или пользователь может перенести свои данные на другой компьютер, на котором установлена программа.
В любом случае такие вещи обычно обрабатываются каким-либо сценарием удаления (это может быть make uninstall, чаще всего это сценарий удаления, запускаемый менеджером пакетов). Разные дистрибьюторы имеют разные политики. У некоторых менеджеров пакетов есть возможность указать, следует ли удалять журналы, элементы конфигурации (из /etc) и так далее. Насколько я знаю, никто не касается файлов в домах пользователей.