Инструментарий JPA можно добавить в существующий проект Eclipse несколькими способами, в зависимости от типа проекта, с которого вы начинаете. Если у вас есть проект Java, вы можете щелкнуть по нему правой кнопкой мыши и использовать пункт меню «Конфигурировать» -> «Преобразовать в проект JPA ...», чтобы добавить возможности проекта JPA в существующий проект Java. Если у вас есть веб-проект или другой проект на основе WTP (известный как «граненые» проекты), вы можете просто добавить фасет JPA к проекту в свойствах проекта на узле «Фасеты». Если вы начинаете с нуля, вы можете создать проект JPA, который по сути является просто проектом Java с добавленным инструментарием JPA.
Я не уверен, что вы используете m2e, но это инструмент интеграции Eclipse Maven. Существуют некоторые известные проблемы, связанные с использованием Maven с инструментами JPA в Eclipse, но есть обходные пути , которые могут работать для вас.
Что касается инструментов графического построения диаграмм для разработки сущностей, то речь идет о проекте Eclipse Dali Java Persistence Tools для следующего выпуска - 3.0 (Indigo). Вы можете попробовать эту функцию прямо сейчас, загрузив редактор диаграмм JPA. Посмотрите видео на YouTube (поиск в редакторе диаграмм JPA), чтобы ознакомиться с краткой демонстрацией функциональности.
Извините за отсутствие ссылок, но я могу опубликовать только 1 за ответ как новый пользователь.