Может быть много причин.Моя ставка, поскольку она составляет всего 2 байта, заключается в том, что winrar добавляет в архив специальную идентификационную метку, чтобы узнать, что это сделал winrar.
Другая возможность заключается в том, что вы можете установить различные уровни сжатия, а функция php zip может быть настроена на более высокую степень сжатия.Либо, либо может быть правдой, единственный способ по-настоящему выяснить это использовать шестнадцатеричный редактор, изучить два файла и посмотреть, где может лежать разница.
Другой способ проверить это - сжать файлы разных размеров (но одинаковые) и посмотреть, всегда ли разница составляет два байта.Если это всегда два байта, хорошо winrar добавляет опознавательный знак.Если это не так, это разные степени сжатия.