Вы можете попробовать следующий код.
Этот код работал для меня.Прежде чем пытаться, убедитесь, что у вашего writeablebitmap есть прозрачный фон (это можно проверить, назначив источник изображения контроллера изображения).Если нет, сделайте фон прозрачным из контроллера, с которого он исходил.
var localFolder = Windows.Storage.ApplicationData.Current.LocalFolder;
var file = await localFolder.CreateFileAsync("temp.png", CreationCollisionOption.ReplaceExisting);
using (var ras = await file.OpenAsync(FileAccessMode.ReadWrite, StorageOpenOptions.None))
{
WriteableBitmap bitmap = imageSource;
var stream = bitmap.PixelBuffer.AsStream();
byte[] buffer = new byte[stream.Length];
await stream.ReadAsync(buffer, 0, buffer.Length);
BitmapEncoder encoder = await BitmapEncoder.CreateAsync(BitmapEncoder.PngEncoderId, ras);
encoder.SetPixelData(BitmapPixelFormat.Bgra8, BitmapAlphaMode.Straight, (uint)bitmap.PixelWidth, (uint)bitmap.PixelHeight, 96.0, 96.0, buffer);
await encoder.FlushAsync();
}