Если вы выполняете сборку с помощью ant в Eclipse (как я это делал сегодня), то это действительно не настройка в Eclipse, а дополнительная настройка / флаг (?) Для задачи javac
.
Найден через полезную подсказку Дарина здесь :
Специально компилируемый вложенный элемент.
Вот как его добавить, можно найти в задаче Apache javac страница
<javac srcdir="${src.dir}"
destdir="${classes.dir}"
classpathref="libraries">
<compilerarg value="-Xlint"/>
</javac>
Надеюсь, это поможет кому-то еще, так как я сам сначала этого не понял.