Чтобы добавить новую библиотеку JavaScript на все ваши страницы, используйте макеты. Создайте новый файл макета yourmodule.xml и поместите туда код
<default>
<reference name="head">
<action method="addItem"><type>skin_js</type><name>js/colorbox.js</name><params/></action>
<action method="addItem"><type>skin_css</type><name>js/colorbox.css</name></action>
</reference>
</default>