Я не знаю, о каком репозитории вы говорите, и что ваши клиенты должны делать с ним. Но если это простое чтение и запись файлов, я бы сказал, что лучше всего использовать WebDAV: он широко поддерживается на всех платформах, имеет множество бесплатных клиентов, может быть установлен на машине с Windows за считанные минуты, поддерживает SSL (I думаю) и очень прост в использовании.
Если вам нужно выполнить более детальные действия, такие как изменение протокола, рассматривали ли вы вопрос об использовании программного обеспечения для контроля версий, такого как Subversion, Git или Mercurial? Они дали бы большие возможности, но кривая обучения для ваших клиентов была бы очень крутой. Я не рекомендовал бы это для нетехнической аудитории.