Если вы храните миллионы таких файлов, делайте это как упакованные биты.
Если вам нужно обращаться к нему миллионы раз в секунду, делайте это как целые (или шорты, или символы).
Если нет, то это не имеет значения.
Если и то и другое, у вас может быть серьезная настройка производительности.