Вам необходимо создать файл конфигурации для phpunit, внутри этого файла конфигурации вы можете исключить определенные файлы или каталоги из покрытия кода.
Пример файла выглядит следующим образом:
<phpunit stopOnFailure="false">
<testsuite name="Name">
</testsuite>
<filter>
<whitelist>
<directory suffix=".php">../php</directory>
<exclude>
<file>../php/somefile.php</file>
<directory suffix=".php">../php/pdf</directory>
</exclude>
</whitelist>
</filter>
<logging>
<log type="coverage-html" target="target-dir/coverage" charset="UTF-8" yui="true" highlight="true"/>
<log type="coverage-clover" target="target-dir/build/logs/clover.xml"/>
</logging>
</phpunit>
СВ приведенном выше файле все в ../php (это относительно каталога, в котором находятся тесты и из которого выполняется phprun) включено в покрытие кода, за исключением файла ../php/somefile.php ивсе файлы с расширением .php из каталога ../php/pdf
Назовите этот файл phpunit.xml, поместите его в тот же каталог, откуда вы запускаете тесты.Их, если вы запустите phpunit, он выберет файл конф.файл доступен по адресу: http://phpunit.de/manual/3.7/en/appendixes.configuration.html