После анимации, включающей непрозрачность, вы захотите очистить значение непрозрачности (вернуться к значению по умолчанию без значения), чтобы исправить это искаженное сглаживание в IE. Попробуйте выполнить jQuery в соответствующем разделе после завершения анимации (например, в обратном вызове):
$('.item').css('filter','');