Если в вашей программе на Python есть бит, похожий на этот:
import sys
if __name__ == "__main__":
args = sys.argv
main(args)
Затем просто импортируйте его и вызовите метод main () с вашими аргументами в том же формате, что и sys.argv. Критерий сортировки. Это был бы питонский способ делать вещи.
В противном случае вам нужен общий способ выполнения внешней программы из python - os.system и ее друзей. Это покрыто в другом месте.