Реальный вопрос в том, какие различия вы хотите показать? Если вам просто нужно работать со значениями цвета RGB, лучше всего, на мой взгляд, просто сканировать оба растровых изображения и сравнивать значения цвета с помощью GetPixel, а также использовать SetPixel для создания растрового изображения «разницы». Возможно, вы просто хотите вычесть значения и использовать их в качестве нового значения цвета для третьего растрового изображения. Или, возможно, вы хотите рассчитать яркость и использовать это. Еще лучше, если у вас есть три метрики для сравнения, присвойте каждый из них компонентам R G и B цвета. Я использовал этот подход для фрактальной раскраски раньше.
Есть и другие подходы, но с этим вы ограничены только своим воображением. Это может быть не самый быстрый подход, но это не похоже на производительность, необходимую для этого сценария.