2008 sln's действительно глупы, у них есть только списки проектов / файлов, которые нужно поместить в обозреватель решений и зависимости проектов, поэтому я не думаю, что это вариант.
Мой инстинкт инстинкта - что-то делать с относительными путями. Например, в вашем stdafx.h вы можете #include ".... \ project_configuration.h", затем для сборки sln a вы будете проверять вещи в одном dir, а sln b в другом. У каждого будет свой отдельный project_configuration.h.
Я полагаю, что вы можете сделать нечто подобное с файлами vsprops, которые, по сути, являются #include для файлов vcproj, хотя я считаю, что их немного раздражает поддерживать со временем.