Я полагаю, вы могли бы использовать следующее в комбинации:
$ diff sqlite-file-1.sql sqlite-file-2.sql > sqlite-patch.diff
$ patch -p0 sqlite-file-1.sql sqlite-patch.diff
Я надеюсь, что это работает для вас. В противном случае, я настоятельно рекомендую обратиться к man-страницам:
$ man diff
$ man patch
РЕДАКТИРОВАТЬ: Хорошо, вот весь проход.
Сначала выведите базы данных:
$ sqlite test1.sql .dump > test1.sql.txt
$ sqlite test2.sql .dump > test2.sql.txt
Далее создайте файл сравнения:
$ diff -u test1.sql.txt test2.sql.txt > patch-0.1.diff
И, наконец, применить патч:
$ patch -p0 test1.sql.txt patch-0.1.diff