На самом деле нет необходимости делать это специально для Heroku, поскольку, когда вы нажимаете, оно компилирует ваше приложение в слаг для быстрого развертывания, и одним шагом из этого является полное удаление git-репо.
Но если вы действительно хотите это сделать, я бы предложил просто удалить каталог .git/
из вашего проекта и запустить новый репозиторий с git init
.
Heroku работает так же, как и любой другой пульт Git, на который вы можете нажать, поэтому все, что вы можете сделать с обычным пультом Git, вы можете сделать со своим пультом Heroku Git. Поэтому, если вы добавите в него новое пустое хранилище, это наверняка решит вашу проблему.