Похоже, вы используете CString MFC с перегруженным оператором '=', поэтому условия if частично удовлетворительные. Однако вам нужно изменить код следующим образом:
CString result;
result = ExecuteExternalProgram(L"c.txt", L"t.txt"); // return a CString
if (result == CString("one"))
MessageBox(NULL,result.GetBuffer(), L"one", MB_OK);
else
MessageBox(NULL,result.GetBuffer(), L"two", MB_OK);