Не должно быть сложнее, чем вызывать любую другую функцию:
public static void main(String[] args) throws ClassNotFoundException, SecurityException, NoSuchMethodException, IllegalArgumentException, IllegalAccessException, InvocationTargetException {
Class<?> cls = Class.forName("pkg1.pkg2.classname");
Method meth = cls.getMethod("main", String[].class);
String[] params = null; // init params accordingly
meth.invoke(null, (Object) params); // static method doesn't have an instance
}
Но я не вижу много вариантов для этого, единственное, что он покупает, это то, что вы можете скомпилировать программубез ссылки на другой, если вы никогда не используете этот конкретный путь кода, но если это то, что вам нужно, то мы идем;)