Ассоциации типов файлов обрабатываются в реестре Windows.Сценарию активации virtualenv потребуется изменить разделы реестра, а сценарию деактивации потребуется восстановить предыдущее значение (или рискнуть разорвать ассоциации).
Что произойдет, если активировать virtualenv, открыть второй экземпляр cmd.exe, а активировать другой virtualenv?Если вы не отключите их в правильном порядке, сохраненные значения ключей реестра будут потеряны.
Я не разработчик virtualenv, я бы сказал, что потенциальные проблемы намного перевешивают небольшую выгоду.