Нет, боюсь, вам нужно перезапустить MySQL, чтобы изменения вступили в силу. Тем не менее, бояться нечего, так как это не повлияет на данные. (Если вы чувствуете себя параноиком, просто выполните изменение / перезапуск в непиковое время, когда трафик сайта низкий.)
Что касается файла конфигурации, я думаю, он находится в /etc/mysql/my.cnf
в Debian. (Если нет, проверьте /etc/my.cnf.)
Чтобы перезапустить службу, просто введите команду "/etc/init.d/mysql restart
", и все должно быть в порядке.