Я считаю, что CI использует стандартный модуль PHP GD.Ранее я обнаружил, что если изображение, которое вы используете, слегка повреждено, оно все равно будет отображаться нормально, но после изменения размера вы просто получите черный ящик.
Пробовали ли вы использовать какие-либо другие изображения?Изображения разных типов (png / jpg / etc)?