Да, мы только что столкнулись с этой проблемой, мы хотели иметь разные конечные точки на ServiceHost, которые на стороне клиента мертвы, просто вы просто передаете конечную точку, которую вы хотите при создании ChannelFactory, однако на стороне сервера не все так просто.
Я согласен с тем, что вам нужно создать хост собственной службы и переопределить метод ApplyConfiguration ().
Вот отличный пример того, как это сделать здесь: http://social.msdn.microsoft.com/forums/en-US/wcf/thread/3af366c1-3b11-42e6-85a4-ea63cd48be18/
Надеюсь, это поможет