Сканирование выполняет свою работу, но функция для этой цели - readLines ().
query <- readLines("biglongquery.sql")
Это дает вам вектор с линиями. Чтобы объединить их в одну переменную, вы можете использовать функцию вставки, например,
one.variable <- paste(query,collapse="\n")