Шифрование обычно является функцией клиентской библиотеки MSSQL и / или ОС, а не Python.Итак, сначала выясните, какой механизм шифрования вы хотите использовать, а затем посмотрите, как вы можете использовать его из Python.
MSSQL можно настроить для поддержки и даже требовать зашифрованных соединений от клиентов:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms191192.aspx
Это означает, что любая библиотека Python, использующая собственные клиентские драйверы MSSQL, будет поддерживать шифрование, что, вероятно, означает что-то вроде adodbapi или pymssql в Windows.Уровень ОС для шифрования всего сетевого трафика или даже сетевого уровня (с использованием VPN).Это может быть проще, в зависимости от ваших требований, но это, вероятно, вопрос для http://serverfault.com.