Вы можете использовать EnumWindows для получения списка окон, а затем, для каждого дескриптора окна, вызвать GetWindow с флагом GW_OWNER, чтобы получить владельца. Таким образом, вы можете получить список принадлежащих окон для указанного дескриптора окна.
Это правда. Родительское окно не совпадает с окном владельца.