Согласно официальному сайту MySQL, доступен zip-пакет , который включает в себя исходные файлы их установщика.Вы должны иметь возможность включить этот установщик в проект WiX и создать удобное решение, установив его с помощью WiX программным способом.
Вы также можете использовать MySQL conector.msi, который можно установить в автоматическом режиме с помощью параметра командной строки / quiet:
msiexec /package conector-net.msi /quiet