На самом деле, есть решение этой проблемы.Первая возможность - изменить тему Aptana в Window - «Настройки» - Aptana Studio - Themes.ИМХО, тема "Беспин" довольно симпатичная.Вторая возможность - изменить цвета в масштабе всей системы, используя настройки внешнего вида Ubuntu для всплывающих подсказок: