Использование inet_aton - правильный способ сделать это, поэтому вы не сохраняете лишнюю бессмысленную информацию (нет смысла сохранять значение больше 256 для любых заданных 3 чисел). В результате получается 32-битное число, которое помещается в беззнаковое целое.
Индексирование по столбцу int ускоряет поиск по IP-адресу. Если ваша база данных станет ДЕЙСТВИТЕЛЬНО большой, вы начнете сталкиваться с проблемами масштабирования, хранящими подобные вещи в MySQL.
Я предполагаю, что вы не собираетесь этого делать, но укажу, что хранение полной информации журнала для большого занятого сайта в СУБД, как правило, считается плохим (tm). Вам не нужны свойства реляционной целостности, которые гарантирует база данных, и вы пишете гораздо больше записей, чем читаете. Вместо этого рассмотрите nosql или добавление плоских файлов, а также анализ ваших журналов при необходимости с помощью специальной программы.