Я не знаю, есть ли «стандартный» подход.
Если вы используете JPA, у вас есть выбор реализации: Hibernate, TopLink и т. Д.
При развертывании в Google App Engine вы будете использовать JPA для общения с BigTable.
Поэтому, если ваши цели состоят в том, чтобы максимизировать переносимость, придерживайтесь стандарта JPA и не привязывайте себя к конкретной реализации, такой как Hibernate, убедитесь, что ваши DAO используют только конструкции JPA.