Я бы создал файл журнала для каждого часа или для любого временного интервала в корне запущенного приложения, потому что в Windows Mobile нет журнала событий, подобного «рабочему столу» Windows.
Было бы легче управлять этими журналами, если вы храните их в этом месте, потому что, возможно, вы захотите отправить их на какой-нибудь сервер по сети.